Organisasi Pendidikan dan Latihan Pegawai dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 1185/KI tanggal 20 Februari 1946. Tidak berselang lama dengan lahirnya Kementerian Agama pada tanggal 3 Februari 1946. Adapun salah satu fungsi dalam organisasi tersebut sesuai KMA yaitu urusan “Pegawai”. Saat itu belum ada penjabaran yang eksplisit terkait tugas dan fungsi Pendidikan dan Latihan Pegawai sekalipun telah diterbitkan KMA Nomor 33 Tahun 1952 sebagai penyempurna KMA Nomor 33 Tahun 1949. Karena itu, tugas dan fungsinya masih melekat dengan urusan pegawai.
Berdasarkan KMA Nomor 47 Tahun 1963, struktur Pendidikan dan Latihan Pegawai dicantumkan dalam tusi Biro Kepegawaian. Namun, KMA Nomor 56 Tahun 1967 mengatur secara eksplisit struktur tersebut dipindahkan ke Biro Penelitian dan Analisa.
Akan tetapi, kondisi tersebut tidak berlangsung lama. Dengan diterbitkannya KMA Nomor 114 Tahun 1969 struktur itu dikembalikan lagi ke Biro Kepegawaian.
Perkembangan setelah tahun 1969 ini berkutat untuk memberi kejelasan pada tusi Pendidikan dan Latihan Pegawai. Beberapa KMA terkait eksistensi bagian Pendidikan dan Latihan Pegawai, diantaranya KMA Nomor 269 Tahun 1970 tentang penyempurnaan KMA Nomor 114 Tahun 1969. Kemudian sebelum diterbitkannya KMA Nomor 14 Tahun 1972, telah diterbitkan KMA Nomor 43 Tahun 1971. Dalam KMA inilah tugas Pendidikan dan Latihan semakin jelas.
KMA Nomor 43 Tahun 1971 berlaku sampai dikeluarkannya KMA Nomor 18 Tahun 1975 tentang Struktur Organisasi Departemen Agama berdasarkan Kepres Nomor 45 Tahun 1975 tentang Susunan Organisasi Departemen. Dalam KMA ini disebutkan tugas Pusat Pendidikan dan Latihan Pegawai adalah sebagai pelaksana tugas dibidang pendidikan dan latihan pegawai.
Selanjutnya dalam KMA Nomor 18 Tahun 1975 pada bagian LX menjelaskan bahwa apabila dipandang perlu Menteri Agama dapat membentuk unit unit pelaksana pendidikan dan latihan di lingkungan Departemen Agama dengan terlebih dahulu mendapat persetujuan tertulis dari Menteri yang bertanggungjawab di bidang pendayagunaan aparatur negara.
Pada masa kurun waktu 2000 s.d 2006 terjadi paradigama penyelenggaraan pemerintah sebagaimana tuntutan reformasi birokrasi. Pada periode ini lahir UU Otonomi Daerah di mana urusan agama tidak termasuk yang diotonomikan dan tetap wewenang instansi vertical.
Pada periode ini pula terdapat 2 KMA yang berkaitan dengan organisasi yaitu KMA Nomor 1 Tahun 2001 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama dan KMA Nomor 373 Tahun 2002 tentang Orgnaisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi dan Kantor Departemen Agama Kabupaten/Kota.
Dalam KMA tersebut ada perubahan yang mendasar, dimana satuan organisasi terdapat penambahan 4 unit eselon II, yaitu Pusat Kerukunan Umat Beragama, Pusat Informasi dan Keagamaan, Pusdiklat Tenaga Administrasi, dan Pusdiklat Tenaga Teknis Keagamaan.
Pusdiklat Tenaga Administrasi adalah salah satu unit kerja eselon II pada Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama.
Dengan mempertimbangkan volume dan beban kerja di bidang pendidikan dan pelatihan pegawai yang semakin meningkat, maka diusulkan pembentukan Balai Pendidikan dan Pelatihan. Sejak 2015, terdapat 14 UPT Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan seluruh Indonesia.
